En Cala Millor se pueden observar un amplio abanico de hábitats, cada uno cargado de una gran diversidad de especies vegetales típicas de las zonas mediterráneas. La vegetación más abundante que se puede observar es la garriga, formada principalmente por arbustos de mediana altura y de los cuales abunda principalmente el lentisco (Pistacia lentiscus) acompañada de otras como la estepa blanca (Cistus albidus), la estepa negra (Cistus monspeliensis), el brezo (Erica multiflora) o el romero (Rosmarinus officinalis). Este hábitat se puede encontrar en distintas zonas de Cala Millor, desde el final de las dunas de sa Punta de n’Amer hasta en las zonas más elevadas de las montañas interiores de los municipios colindantes.
La proximidad con la costa permite detectar otros hábitats interesantes para visitar como lo son las dunas, caracterizadas por la presencia de arena como sustrato y la exposición al espray salino y al viento que restringen la presencia de las especies en función de su capacidad de resistir estas condiciones. La primera especie que se puede observar en este hábitat es el barrón (Ammophila arenaria), que presenta una gran capacidad de fijar la arena y facilitar la presencia de otras plantas. En este hábitat, además, cabe mencionar el lirio de mar (Pancratium maritimum), el cardo marino (Eryngium maritimum), el glaucio (Glaucium flavum) o la lechetrezna marítima (Euphorbia paralias), que florecen durante el verano y el otoño. También llama la atención los céspedes del cuernecillo de mar (Lotus cytisoides) y de plantas aromáticas como las incluidas en el génerlo Teucrium spp. En las zonas de la duna más alejadas del mar, dónde el sustrato es más estable y rico en nutrientes, se establece la comunidad vegetal propia del sabinar, que se caracteriza por presentar árboles como la sabina (Juniperus phoenicea) y el pino blanco (Pinus halepensis). En las zonas litorales dónde el sustrato es rocoso y no hay arena, se ubican otras especies particulares como las siemprevivas (Limonium spp., de las cuales destaca la presencia del endemismo balear Limonium biflorum por todo Cala Millor), el hinojo marino (Crithmum maritimum) i los socarrells endémicos de baleares (Launaea cervicornis).
En las zonas más interiores de los municipios que forman Cala Millor, y más en concreto en las zonas donde el suelo es húmedo y con suficiente profundidad, se establece el encinar, particular por su elevada humedad, sombra y la frondosidad del bosque. En este hábitat aparecen una gran diversidad de plantas adaptadas a zonas sombreadas y húmedas, dónde abunda principalmente la encina (Quercus ilex) y de otras acompañantes particulares como el pa porcí (Cyclamen balearicum), las lianas como la zarzaparrilla (Smilax aspera) y la rubia brava (Rubia peregrina) o incluso helechos como Pteridium aquilinum y Polypodium cambricum. En otros ambientes donde la cantidad de suelo no es tan abundante o bien las condiciones de humedad no son suficientemente altas, la vegetación pasa a ser acebuchal, caracterizado por la presencia de garrigas cubiertas por acebuches (Olea europaea var sylvestis) y domina gran parte del territorio de Cala Millor.
Fuera de los espacios naturales mallorquines, también llama la atención los cultivos rurales típicos de la isla, como los almendros (Prunus dulcis), las higueras (Ficus carica), los algarrobos (Ceratonia siliqua) o los olivos (Olea europaea). En concreto, la floración del almendro durante el primer trimestre del año deja una imagen emblemática del cultivo tradicional de Mallorca. Durante el mes de agosto y septiembre, la imagen de los payeses recogiendo los frutos de los árboles es muy común en el medio rural de Cala Millor.
A continuación se explican las principales características de algunas especies representativas de la flora presentes en los espacios naturales de Cala Millor;
Acebuche (Olea europaea var sylvestis): especie de árbol más común de Cala Millor. Se encuentra en una gran variedad de lugares, desde bordes de caminos hasta peñascos y montañas. Es la planta típica del acebuchal y su variedad cultivada es el olivo, común en los territorios cultivados de la zona.
Asfódelo (Asphodelus aestivus): herbácea muy común en las garrigas, bordes de caminos y zonas ruderales que se caracterizan por la vara de flores blancas que hace. Es frecuentemente visitada por los insectos de la zona de manera que resulta ser un buen ejemplar para observar polinizadores.
Cardos: conjunto de distintas especies que comparten la característica de ser muy espinosos con unas flores generalmente violáceas de grandes dimensiones. En Cala Millor se pueden encontrar una gran variedad de cardos, desde el cardo marino (Eryngium maritimum) hasta el cardo mariano (Silybum marianum) o el cardo comestible (Cynara cardunculus). El cardo más abundante es el cardo blanco (Galactites tormentosa).
Carrizo (Ampelodesmos mauritanica): gramínea muy abundante por la montaña y la garriga, que se caracteriza por las dimensiones de su espiga. En las zonas incendiadas, el carrizo domina la zona hasta llegar a formar un carrizal. Las hojas resultan ser ásperas al tacto hasta el punto que pueden formar heridas. Tiene unos usos tradicionales como el pasto y para la fabricación de cuerdas y alfombras.
Palmito (Chamaerops humilis): es la única palmera autóctona de las Islas Baleares que abunda en las zonas de altura. Generalmente de medida pequeña que no suele llegar a los dos metros de altura. En los pueblos de Artá y Capdepera se usa tradicionalmente para hacer llatre.
Sabina (Juniperus phoenicea): árbol generalmente de medidas pequeñas presentes en zonas litorales capaces de resistir el exceso de sal marina llegada por el viento. Juntamente con el tamarisco (Tamarix spp.), son los dos únicos árboles capaces de resistir los hábitats litoralres y se encuentran abundantemente por las zonas costeras naturales de Cala Millor y sa Costa de Pins.
Como particularidad, la vegetación de Mallorca presenta especies emblemáticas que hay que tener en cuenta a la hora de hacer una ruta naturalística. Por una parte, las orquídeas son abundantes a las zonas de garriga e incluso en las zonas interiores de las dunas (Orchis spp., Ophrys spp., Serapias spp.) Tambien cabe destacar los geófitos de otoño que también aparecen por la garriga, como el endemismo Crocus cambesedesii o la Merendera filifolia.
En los campos de cultivos abandonados o en desuso rápidamente son invadidos por plantas nitrófilas de unos colores muy llamativos y sin duda también constituyen el paisaje de la zona rural de Cala Millor. Entre otras, destacan la amapola (Papaver rhoeas) y la antimano (Chrysanthemum coronarium).
Cerca de Cala Millor encontramos el Parque Natural de la Península de Llevant dónde se pueden encontrar una gran variedad de especies vegetales autóctonas y que generan un paisaje único. Además, es una gran oportunidad para observar especies vegetales endémicas relativamente abundantes, como lo son la estepa joana (Hypericum balearicum), la estepa blanera (Phlomis italica), el coixinet de monja (Astragalus balearicus), la violeta de peñasco (Hippocrepis balearica), entre otros.
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